El otro grupo de investigación del instituto que trabaja habitualmente con este recurso tan preciado que es el agua es el de Restauración Ecológica. Su principal objetivo es identificar y evaluar el papel de los diferentes actores del cambio global -cambio climático, actividades humanas- sobre la estructura y función de las comunidades biológicas y los ecosistemas, para así poder proponer medidas científico-tecnológicas que, integrando aspectos ambientales, económicos y culturales, permitan la recuperación y protección de nuestro entorno.
Para ello, se integran diferentes indicadores estructurales -biodiversidad, biomasa, y otras- y funcionales -producción, resiliencia, retención de agua y sólidos, formación de suelo, ciclos biogeoquímicos del carbono, nitrógeno y fósforo- de los ecosistemas mediante análisis estadísticos y modelos informáticos con el fin de establecer las bases científicas y técnicas para restaurar y proteger  los ecosistemas perdidos o degradados por las actividades humanas. Esto es posible por medio del desarrollo de estrategias, modelos conceptuales y prototipos experimentales que permitan restablecer las funciones y servicios  de los ecosistemas, considerando las comunidades humanas que se encuentran en el territorio.

Desde este grupo de investigación se proponen aquellas actuaciones que favorecen aspectos concretos como la producción de biomasa, la retención de carbono, la descomposición y detoxificación de residuos contaminantes, la purificación de agua y aire, la dispersión y el reciclado de nutrientes y la puesta en valor de aspectos culturales y recreativos del medio que favorezcan la sostenibilidad económica de la población local y de su entorno.

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